В июле 1941 года был призван в Красную Армию и отправлен на фронт. 16 ноября 1941 года у разъезда Дубосеково Волоколамского района Московской области в составе группы истребителей танков участвовал в отражении многочисленных атак противника, было уничтожено 18 вражеских танков. Это сражение вошло в историю, как подвиг 28 героев-панфиловцев. Яков Бондаренко в том бою погиб. Похоронен в братской могиле у деревни Нелидово. Награды: Медаль «Золотая Звезда» Героя Советского Союза. Орден Ленина.