12 февраля 1943 призван в ряды Советской Армии, и вскоре  был направлен на передовую. Сражался на 2 Белорусском и  Центральном фронтах.Был ране. Героический подвиг совершил при форсировании Днепра. Младший сержант Котов в сентябре 1943 года в составе стрелковой роты одним из первых переправился на правый берег Днепра у села Толокунская  Рудня, что в Киевской области.Противник предпринимал яростные попытки против переправившейся группы наших воинов. Неистово сражался с наседавшими фашистами пулемётчик Котов.Четко и бесперебойно работал его пулемет.Подпустив врага на 150-200 метров,Михаил Котов расстреливал его в упор. Вражеская пуля повредила пулемет, и он умолк, а Котов открыл огонь из автомата. Когда кончились патроны, пулеметчик пустил в ход гранаты. Раненый продолжал сражаться, пока не подошло подкрепление. 75 вражеских солдат и офицеров уничтожил в этом бою Михаил Котов,не дав возможности немцам окружить подразделение. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17.10.1943 года командиру расчета пулемета 985 стрелкового полка младшему сержанту Котову Михаилу Семеновичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина. Награжден также несколькими медалями, В одном из боев с фашистскими захватчиками   в апреле 1944 года Герой Советского Союза  Михаил Котов пал мертью храбрых .