В 1939 году призван на службу в армию.После окончания Тбилисского военно-политического училища лейтенант А.С.Махунов был назначен комсоргом 267 полка.За проявленный героизм и мужество награжден орденами и медалями. На Кубани был тяжело ранен. После выздоровления - в действующей армии в составе 3-го Украинского фронта принимал участие в освобождении Одессы, Измаила, Болгарии. Среди наград - и врученная от имени правительства   Болгарии медаль "Отечественная война 1944-1945 гг".В боях на территории Венгрии был ранен. В свой полк вернулся только через 5 месяцев. Участвовал в наступательных боях в направлении Вены. Здесь встретил известие о капитуляции Германии.