Сергей Немцов в июле 1941 г. был мобилизован в органы НКВД и отправлен на фронт, где в трудных условиях, наряду с порученной работой, принимал участие в боях с немецкими захватчиками на территории Украины, под Ростовом-на-Дону, под Туапсе.

С февраля 1943 г. – участник легендарной десантной операции на Малой Земле под Новороссийском, где в ожесточённых боях обеспечивал взаимодействие артподразделений с пехотой на крошечном плацдарме, который фашисты тщетно пытались уничтожить.

Немцов С.С. находился на службе в ОКР «СМЕРШ» в должности оперуполномоченного с первых дней создания организации.

Осенью 1943 г. был направлен на службу в контрразведку Западного и Северного фронтов ПВО, принимал участие в боях за освобождение Вильнюса и других городов Литвы, польских городов Люблина и Варшавы, а также Восточной Пруссии.

Систематически выезжал на выполнение оперативных заданий по ликвидации шпионско-диверсионных групп, участвовал в операциях по разгрому литовских националистических банд.

Награждён правительственными наградами.

После войны Сергей Сергеевич продолжил службу в органах госбезопасности, а затем работал на оборонном предприятии.