На фронтах Великой Отечественной войны Иван Иванович воевал с начала боевых действий в разведке: пройдя черезсражения Южного, Северо-Кавказского, Карельского, l-го Украинского фронтов.Он был командиром армейского истребительного отряда в звании капитан, затем служил пом. нач. l-го отделенияразведотдела, пом. начальника разведотдела, начальником 1- го отделения разведотдела штаба Армии, закончив войну подполковником. Был дважды ранен. Один раз в разведке в 1941 г., другой раз - в феврале 1942 г. при участии в операции его "истребителей".Боевого офицера и высокообразованнoгo специалиста - историка и педагога - сразу же по окончании академии им.М. В. Фрунзе назначают начальником учебного отдела Калининского Суворовского военного училища. Здесь он в течение трех лет набирался опыта командования СВУ как заместитель начальника училища. В июле 1950 г. пришел в ТБСВУ, приняв все хозяйство и взяв под "свое крыло" роты воспитанников, уже знающим свое дело начальником.Иван Иванович, став полковником еще в мае 1949 г., за время командования Тамбовским СВУ до февраля 1955 г.не успел получить генеральское звание. Но он, по нашему мнению, был его достоин.Училище при нем достигало немалых высот и в учебе, и в спорте.Более двенадцати лет своей жизни отдал полковник Моргун И.И. воспитанию и обучению будущих офицеров: послеТамбовского он, как заместитель начальника училища, возглавлял Калининское СВУ, а последние шесть лет - Московское Суворовское училище.Родина отметила ратный труд этого офицера орденом Красного Знамени, который он получил в декабре 1941 г.,орденом Красной Звезды (сентябрь 1942 г.), орденом Отечественной войны II степени за бои на 1-м Украинском фронте, медалью "За оборону Кавказа" и др.В конце октября 1962 г. по болезни Иван Иванович Моргун ушел в запас и находился на учете в Пролетарском РВК г.