В октябре 1941 года Сергей Шарун добровольцем ушел в Красную Армию. Здесь закончил школу молодых командиров. Был участником Курской битвы. здесь получил первую медаль "За отвагу". Также С.Н. Шарун принимал участие в тяжелых боях на Сандомирском плацдарме, за которые получил вторую медаль "За отвагу". Был назначен политруком роты. в Этой должности освобождал Польшу, в составе танкового десанта форсировал Одер. С бойцами танковой армии участвовал во взятии Берлина. За взятие Берлина награжден третьей медалью "За отвагу".