В октябре 1941 года, когда была объявлена партийная мобилизация, на бюро райкома партии выносится решение: "Командировать в порядке партийной мобилизации в РККА третьего секретаря райкома партии товарища Георгия Никитича Пеганова." До февраля 1942 г. воевал на Донском фронте, до июля 1943г. - на Юго-Западном фронте, с января 1945 г. - 2 Белорусский фронт. 

Служил в звании Гв. капитана, зам.командира роты по технической части 94 Гвардейского тяжелого танкового полка, 30 Отдельной Гвардейской тяжелой танковой Выборгской бригады.

Победу встретил освобождая побережье Балтийского моря. 

После окончания войны вернулся на родину, работал председателем Памятинского сельского совета, затем директором МТМ.