В период Великой Отечественной войны служил командиром 3-го истребительного авиационного корпуса 8-й воздушной армии 4-го Украинского фронта в звании генерал-майора авиации и командиром 3-го истребительного авиационного корпуса 16-й воздушной армии 1-го Белорусского фронта в звании генерал-лейтенанта авиации.Генерал–лейтенант авиации Е.Я. Савицкий к концу войны совершил 216 боевых вылетов, сбил лично 22 и в группе 2 самолёта противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 11 мая 1944 года командиру 3-го истребительного авиационного корпуса генерал-майору авиации Савицкому Евгению Яковлевичу «за умелое руководство корпусом и 107 боевых вылетов, в которых он сбил 15 самолётов противника», присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№1324). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 02 июня 1945 года Е.Я.Савицкий награжден второй медалью «Золотая Звезда». В 1961 году Е.Я.Савицкому присвоено звание Маршала авиации. Евгений Яковлевич Савицкий скончался 06 апреля 1990 года в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище города Москвы. Бронзовый бюст Герою установлен в г. Новороссийске на ул. Советов. На стене дома в городе Москва на Смоленской набережной, в котором жил Е.Я. Савицкий, установлена мемориальная доска.