Великую Отечественную войну встретил в должности военного комиссара 5-й железнодорожной бригады, затем был заместителем командира — начальником политотдела бригады. В начале 1942 года полковник Бакарев принял командование бригадой, сменив ушедшего на повышение генерала Павла Кабанова, который впоследствии стал руководителем Железнодорожных войск СССР. Летом 1942 года подразделения 5-й железнодорожной бригады под командованием полковника Бакарева обеспечивали работу Воронежского железнодорожного узла. На участке Острожка — Графская скопилось около десяти тысяч вагонов. Ими забиты были все тупики, подъездные пути, на километры вытянулись груженные составы. В этот сложный момент особенно проявились способность и умение Петра Ивановича организовать личный состав на выполнение поставленной задачи, принимать быстрые и правильные решения. В сложных условиях, под огнём противника, когда часть Воронежа был уже в руках врага, со станции одни за одним уходили эшелоны. Порой интервал между составами составлял 100—200 метров. Одновременно велись работы по восстановлению путей, ремонту и экипировке паровозов. В течение 6 суток эвакуационная операция была закончена. Только со станции Отрожка было выведено 73 паровоза, 450 пассажирских и 5800 товарных вагонов. В 1943 году, когда войска Брянского фронта перешли в наступление, бригада полковника Бакарева вела восстановительные работы на участках Воронеж — Касторная, Касторная — Старый Оскол, Касторная — Курск и многих других. Восстановление велось в трудных условиях. Противник непрерывно бомбил и обстреливал артиллерией места работ. Разрушенные объекты были сильно минированы. Следуя за наступающими частями, подразделения бригады участвовали в строительстве мостов через такие крупные реки, как Днепр и Сейм. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1943 года за особые заслуги в обеспечении перевозок для фронта и народного хозяйства и выдающиеся достижения в восстановлении железнодорожного хозяйства в трудных условиях военного времени" полковнику Бакареву Петру Ивановичу присвоено звание Героя Социалистического Труда. С февраля 1944 года и до конца войны Бакарев был начальником Управления военно-восстановительных работ № 9 и командовал железнодорожными войсками 2-го Белорусского фронта. Подразделения УВВР-9 обеспечивали два железнодорожных направления западно-европейской колеи: Дзялдово — Торн — Быдгощь — Нойштеттин — Штаргард — Пиритц и Насельск — Торн — Быдгошь — Шнейдемюль — Штаргард.